Recebido o subdiaconado ainda em Roma, em 18 de Dezembro de 1897, o Dr. Mendes Santos veio a receber, em Portugal, o diaconado e o presbiterado, respectivamente em 12 de Dezembro de 1898 e em 27 de Maio de 1899, sendo já professor do Seminário de Santarém, e celebrando a Missa Nova em 4 de Junho seguinte, aniversário da sua primeira Comunhão, na igreja paroquial do Salvador, em Torres Novas.
Poucos dias depois escrevia uma carta encantadora a S. Luís Gonzaga, no dia da sua festa, a 21 de Junho, segundo o costume romano de depositar cartas com pedidos no túmulo do angélico Santo, na igreja de Santo inácio de Loiola. Essa missiva, terso espelho de uma alma límpida num corpo puro, começa assim :
« V. J. M. J.
Meu Angélico Protector
Dignai-vos tomar-me sob a vossa especial protecção, ensinai-me a oferecer e receber Jesus com fervor e ternura, como vós o recebíeis. Fazei-me um santo sacerdote e dignai-vos impetrar-me de Nosso Senhor muitas luzes para conhecer a sua vontade, e muita coragem e generosidade para a pôr em prática. Pedi muito por mim a Maria, ensinai-me a amar esta doce Mãe, tão terna e querida. »
Depois de encomendar à protecção de S. Luís sua família, alunos e companheiros e superiores dos Seminários Romano e de Santarém e, em pós-escrito, vários sacerdotes, termina assim :
« Meu doce Protector, abençoai-me, fazei-me casto, abrasai-me em amor de Deus e de Maria, e serei feliz. Eu vos peço ainda pelos pecadores e pelas almas do Purgatório.
21 de Junho de 1899.
P.e Manuel Mendes da Conceição Santos »
É deste tempo um episódio que reflecte a virtude angélica do seminarista Mendes Santos. O padre João Nunes Ferreira, que fora seu companheiro, íntimo amigo e vizinho de quarto no Seminário de Santarém, ao ser nomeado pároco do Cartaxo, pretendendo pintar a capela do Santíssimo Sacramento da sua igreja paroquial, pediu a um condiscípulo, o padre António Vieira, capelão do Colégio das Teresianas, em Torres Novas, que lhe enviasse algumas estampas alusivas à Eucaristia. Respondeu-lhe o referido capelão, enviando-lhe as estampas pedidas e uma fotografia de Mendes Santos com estes dizeres nela escritos : « Como na capela do SS° Sacramento devem figurar uns anjos em volta da Custódia, não esqueças colocar ali este Serafim, que acaba de subir ao altar ». E, efectivamente lá ficou pintado o rosto do padre Manuel Mendes da Conceição Santos em figura angélica.
Em Santarém, de 1899 a 1905, o Dr. Mendes Santos repartiu o seu zelo sacerdotal entre o magistério no Seminário, onde foi prefeito e leccionou Teologia Dogmática e Latim, e no Liceu, onde foi professor de Alemão e examinador de Inglês ; a direcção das almas, que durante toda a sua vida, como padre e como bispo havia de ser uma constante de abnegação e dedicação ; e a eloquência sagrada, a que tão alto subiria e em que ensaiaria os primeiros voos, em 1899, com os sermões sobre a Assunção de Nossa Senhora e a Eucaristia, primícias das duas dezenas de peças de oratória sacra existentes, dessa meia dúzia de anos, no seu espólio literário.
