Ao olhar perspicaz de D. Manuel Vieira de Matos, em 1903 nomeado Arcebispo-Bispo da Guarda, não escapara, aquando Arcebispo de Mitilene, a ímpar personalidade e a actividade infatigável do dr. Mendes dos Santos em Santarém. Por isso, em 1905, convidou-o para vice-reitor do Seminário da Diocese Egitaniense, onde entrou em 8 de Setembro desse ano, dia da Natividade de Nossa Senhora.
Na mais alta cidade de Portugal, apesar dos seus gélidos frios e das nuvens carregadas que ameaçavam desencadear a tempestade religiosa daí a cinco anos, sob a vista clarividente e apoiado na mão firme de D. Manuel Vieira de Matos, o dr. Mendes dos Santos iniciou a fecunda e larga caminhada que o levaria ao trono episcopal, através da vice-reitoria e do magistério no Seminário ; da pregação assídua da Palavra de Deus; da criação da empresa tipográfica Veritas e da fundação e direcção do jornal A Guarcla; da erecção e difusão de associações católicas de piedade e de carácter social; enfim, do governo daquela Diocese, quando o Arcebispo-Bispo esteve desterrado por ter protestado contra a Lei da Separação em 1911, sendo então nomeado Governador do Bispado e continuando vice-reitor do Seminário, já cónego capitular da Sé egitaniense desde 1909.
Nos momentos difíceis que a Revolução de 5 de Outubro de 1910 trouxe à vida das dioceses em Portugal, o cónego dr. Mendes Santos esteve à altura das circunstâncias na luta intrépida pelos direitos da Igreja, ficando memorável a sua acção na Guarda. Quando em Outubro de 1914 o Seminário daquela cidade foi obrigado a fechar no prazo de 24 horas, o zeloso Vice-Reitor, preocupado com essa dolorosa situação, procurou asilo para os seus seminaristas na vila do Fundão, que generosamente os acolheu, reabrindo ali, em Janeiro de 1915, o Seminário, com o nome de Internato Académico, tendo 25 alunos.
Entretanto, apesar das suas múltiplas, absorventes e preocupantes actividades, a sua piedade não dimirnuíu nem arrefeceu. É exemplo flagrante e fragante a sua consagração ao Sagrado Coração de Jesus, em 7 de Junho de 1907, de que transcrevemos só a parte final:
« Ofereço-me a vós, em honra de Maria e pelas mãos de Maria, para o que vós quiserdes e como vós quiserdes, sem reserva nem condição alguma. Se quereis que eu sofra, seja humilhado e desprezado, tudo isso eu quero por vós; peço-vos, porém, amor para amar isto tudo, porque eu nada posso. irrevogavelmente a vós me consagro, não quero nada para mim, mas tudo por vós, meu amor supremo. Ao vosso Coração me consagro, nele quero viver, nele quero morrer para mim e para o mundo. Já não pertenço a mim mesmo, fazei de mim o que vos aprouver. Abençoai o meu sacerdócio, abençoai a minha missão nesta casa, abençoai os seminaristas que me confiastes, abençoai o meu Prelado, aberiçoai os meus parentes, e tomai posse de mim.
Ó Jesus, amor e só amor !
P.e Manuel Mendes da Conceição Santos »
